XÂY DỰNG CÂY PHÁT SINH CHỦNG LOẠI LOÀI QUÝT HOI (CITRUS AURANTIUM) DỰA TRÊN TRÌNH TỰ ĐOẠN GENE matK
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
Mã vạch DNA (DNA barcode) là công cụ chỉ thị phân tử có độ tin cậy cao, không phụ thuộc vào đặc điểm hình thái, được sử dụng rộng rãi trong công tác nhận diện và bảo tồn loài. Chúng tôi đã sử dụng công cụ này để phân lập, xác định trình tự nucleotide và quan hệ di truyền của đoạn gene maturase K (matK) loài Quýt hoi (Citrus aurantium) ở Thanh Hóa. Kết quả giải trình tự cho thấy, đoạn gene matK dài 837 bp. Phân tích, so sánh với cơ sở dữ liệu trên ngân hàng gene (GenBank) xác nhận, trình tự matK của mẫu nghiên cứu có quan hệ di truyền tách biệt hoàn toàn khỏi các nhóm khác của chi Citrus đã công bố. Điều này gợi ý rằng, Quýt hoi có thể là một biến chủng hoặc dạng tiến hóa tương đối độc lập, có tiềm năng cho nghiên cứu phân loại phân tử và chọn giống.
Từ khóa
Mã vạch DNA, Quýt hoi (Citrus aurantium), đoạn gene matK, quan hệ di truyền.
Chi tiết bài viết
Tài liệu tham khảo
[2] Allen GC, Flores-Vergara MA, Krasynanski S, Kumar S, Thompson WF, (2006), A modified protocol for rapid DNA isolation from plant tissues using cetyltrimethylammonium bromide, Nat. Protoc., 1: 2320-2325.
[3] Shuai Y, Shilin C, Jing M, Junfei L, Qi P, Chi S, (2023), Application of DNA Barcoding to Identify Medicinal Plants, Journal of Visualized Experiments, 66925.
[4] Letsiou S & Madesis P, (2024), DNA barcoding as a plant identification method, Applied Sciences, 14(3): 1163.
[5] Stoeckle M, (2003), Taxonomy, DNA, and the Bar Code of Life, BioScience, 53 (9):796-797.
[6] Mien PTC, Nguyen TT, Hoang NV, Nguyen DC, Le HT, (2021), Morphological description and DNA barcoding study of Paramignya trimera (Vietnam), Vietnam J. Biotech., 19(2): 15090.
[7] Guo X, Landi M, Grajales A, Rahman MM, Kuzmina M, Hollingsworth PM, Choi JY, Schmidt S, Droege G, Forest F, Herrera S, Seberg O, Pham HV, Li X, Tkach N, Grando MS, Heckenhauer J, Jin X, Dias EF, Thomas P, Smissen RD, Li S, Michelangeli F, Martínez-Labarga C, Young RE, Dröge G, Amarasinghe V, Kersey PJ, Rønsted N, Christin PA, Buerki S, Baker WJ, (2024), Global availability of plant DNA barcodes as genomic resources, Molecular Ecology, 33(5): 1022–1036.
[8] Oueslati A, Salhi-Hanachi A, Khalfallah N, Trifi-Farah N, (2016), Towards a molecular taxonomic key of the Aurantioideae (Rutaceae), Peer J., 4: e2297.
[9] Penjor T, Yamamoto M, Uehara M, Ide M, Matsumoto R, Nagano Y, Nishimura K, (2013), Phylogenetic relationships of Citrus and its relatives based on chloroplast matK genes, PLOS ONE, 8(4): e62574.
[10] Kumar S, Stecher G, Sulesky M, Sanderford M, Sharma S, Tamura K, (2024), MEGA12: Molecular evolutionary genetic analysis version 12 for adaptive and green computing, Molecular Biology and Evolution, 41 (12): msae263, 2024.
doi: 10.1093/molbev/msae263. PMID: 39708372; PMCID: PMC11683415.
[11] Sambrook J, Fritsch E R, & Maniatis T, (1989), Molecular cloning: A laboratory manual (2nd ed.), Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
[12] Wei L, Khan MA, Ali Q, Mehmood F, Shahzadi I, Rasheed A, Bano S, Razaq A, Hussain I, (2024), Effectiveness of DNA barcodes (rbcL, matK, ITS2) in identifying genera and species in Cactaceae, Pakistan J. Bot., 56(2): 789-797.