Quá trình xét duyệt bài báo được bắt đầu khi tác giả gửi bài cho tạp chí. Tổng biên tập  (hoặc Trưởng ban Thư ký - người được ủy quyền) sẽ thực hiện sơ loại bài báo. Bài báo được kiểm tra sự phù hợp về mục tiêu, phạm vi của Tạp chí; mức độ tuân thủ ngôn ngữ , cấu trúc và định dạng. Trường hợp đáp ứng các quy định của Tạp chí, bài báo sẽ được chấp nhận chuyển sang quy trình phản biện. Trường hợp không đáp ứng các quy định của Tạp chí,  Tổng biên tập (hoặc Trưởng ban Thư ký) sẽ từ chối tiếp nhận bản thảo. 

Bước 1: Căn cứ vào lĩnh vực của bài báo, Tổng biên tập hoặc Trưởng ban thư ký phân loại bài báo gửi đến thư ký tòa soạn phụ trách lĩnh vực và Trưởng tiểu ban (Ủy viên Hội đồng biên tập) để xin ý kiến sơ bộ về nội dung khoa học của bài báo. Nếu bài báo đạt được yêu cầu cần thiết của một bài báo khoa học, Trưởng tiểu ban đề xuất danh sách nhà phản biện phù hợp.

Bước 2:  Thư ký tòa soạn liên lạc, gửi lời mời phản biện đến 2 nhà khoa học được đề xuất.

Bước 3: Người phản biện thực hiện nhận xét nội dung bài báo theo mẫu Phiếu nhận xét phản biện của tạp chí và gửi kết quả phản biện về tòa soạn  trong thời gian 30 ngày. 

Bước 4: Căn cứ kết quả phản biện, Tổng biên tập hoặc Trưởng ban Thư ký ra quyết định từ chối hoặc chấp nhận cho tác giả chỉnh sửa tùy vào trường hợp cụ thể sau:

• Chấp nhận:  Bài báo được chấp nhận xuất bản mà không cần sửa đổi nào (hiếm khi xảy ra).
• Sửa đổi nhỏ: Bài báo cần thực hiện những sửa chữa nhỏ và sẽ được chấp nhận đăng nếu tác giả thực hiện những sửa đổi được đề cập trong các phiếu nhận xét.
• Sửa đổi lớn: Bài báo cần có những sửa đổi lớn, có nghĩa là một số phần của bài báo cần được viết lại và bài báo sửa đổi sẽ được xem xét phản biện ở vòng 2.
• Từ chối: Bài báo bị từ chối đăng và không cần xem xét lại.

Ban thư ký thực hiện những thao tác trung gian trong việc trao đổi giữa người phản biện và tác giả bài báo. Bài báo sửa đổi phản hồi thỏa đáng ý kiến của người phản biện được Tổng biên tập phê duyệt đăng bài và chuyển bài báo sang quy trình chế bản. Kết quả được thông báo đến tác giả.

Phán quyết của Ban biên tập

Tổng biên tập là người chịu trách nhiệm đưa ra quyết định cuối cùng về bản thảo dựa trên nhận xét và khuyến nghị của người phản biện, Trưởng tiểu ban và các Biên tập viên của Tòa soạn sau khi đọc bản thảo của bài báo. Trong phần lớn các trường hợp, bài báo được chấp nhận đăng khi cả hai người phản biện có khuyến nghị chấp nhận đăng bài (sau khi tác giả hoàn tất các chỉnh sửa) và không có ý kiến phản đối nào từ phía những người thẩm định khác thuộc Ban biên tập. Trong trường hợp khác, Tổng biên tập sẽ cần đến ít nhất một người phản biện bổ sung hoặc tham vấn ý kiến của ít nhất 01 nhà khoa học do Ủy viên Hội đồng biên tập giới thiệu. Tuy nhiên phán quyết cuối cùng vẫn thuộc về Tổng biên tập.

Thời gian bình duyệt

Thời gian bình duyệt  của 1 bài báo từ khi gửi bản thảo đến tòa soạn cho tới khi được công bố trên HDUJS trung bình từ 40 - 120 ngày.